С 29 декабря 2012 года входит в состав ФГБОУ ВПО «Калининградский государственный технический университет» в качестве его обособленного структурного подразделения без прав юридического лица. Академия осуществляет подготовку членов экипажей морских судов в соответствии с Международной конвенцией о подготовке и дипломировании моряков и несении вахты от 1978 года с поправками. Выпускникам технических специальностей академии выдаётся диплом международного образца.