Сегодня в ЮУрГУ 9 институтов, 3 высшие школы, а также факультет военного обучения и факультет предвузовской подготовки. В городах России работают 10 филиалов вуза. Подготовка бакалавров, магистров и специалистов ведется более чем по 200 направлениям и специальностям. Университет ведет подготовку по 25 направлениям среднего профессионального образования.