РГГМУ был создан в 1930 году как Московский гидрометеорологический институт для подготовки инженерных кадров метеорологов, гидрологов и океанологов. С тех пор он развивался не только как вуз гидрометеорологического профиля, но и университет, осуществляющий подготовку специалистов по широкому спектру наук. Развитие вуза, постоянное совершенствование учебного и научного процессов дали основания для получения в 1998 году статуса университета. В декабре 2015 года к нему была присоединена Государственная полярная академия. В настоящее время университет осуществляет подготовку по всем уровням высшего образования на десяти факультетах. РГГМУ является региональным учебным центром Всемирной метеорологической организации. Квалификации, присваиваемые успешно окончившим РГГМУ, соответствуют квалификациям ВМО и профессионально признаются в 185 странах — членах ВМО.