Деятельность ВУЗа направлена на подготовку высококвалифицированных кадров для транспортной инфраструктуры России. Процесс обучения в университете ведется в соответствии с Государственными образовательными стандартами, а по морским направлениям образования учитываются требования Международной конвенции о подготовке моряков и несении вахты. Все выпускники университета после окончания учебного заведения получают диплом о высшем образовании государственного образца. На период обучения всем иногородним студентам предоставляются места в общежитии. Курсанты, обучающиеся на плавательных специальностях, находятся на полном государственном обеспечении. Им гарантируется бесплатное проживание в общежитии, трехразовое питание, форменная одежда. Всем студентам и курсантам университета на время обучения предоставляется отсрочка от армии.