Обучение в школе №1298 делится по специализациям и разным уровням программы уже на средней ступени образования. С пятого класса ученики и их родители могут выбирать одно из направлений, которое получает продолжение в предпрофильной и старшей школе. Поступление по всем специализациям сопряжено с учетом успеваемости кандидатов и прохождением входных тестов. Учебное заведение является участником проекта «Инженерный класс в московской школе».